หลังจากตอบรับคำเชิญจากครูฝึกลึกลับ แอช มิสตี้ และบร็อคก็ได้พบกับมิวทู โปเกมอนที่ถูกสร้างขึ้นมาอย่างดุเดือดที่ต้องการจะต่อสู้
นี่เป็นส่วนแรกของภาพยนตร์ทั้งสองเรื่อง ภาพยนตร์เรื่องนี้สรุปซีรีส์ทั้งหมดจากมุมมองของคุริยามะ มิไร